Aquesta preocupació es va fer evident als anys trenta en la protesta activa del PEN contra la crema de llibres a l'Alemanya nazi.

A partir d’aquests esdeveniments, les discussions al voltant de la censura van esdevenir freqüents en les reunions del comitè executiu. En el 1937 es va enviar un telegrama a Espanya intercedint per Federico García Lorca: però el poeta va ser executat poc després de la seva detenció i el telegrama va arribar massa tard. La apel·lació en favor d’un altre escriptor detingut a Espanya, Arthur Koestler, va tenir en canvi un desenllaç més feliç i l’escriptor va ser alliberat.

Creació del Comitè d’Escriptors Empresonats
Acabada la Segona Guerra Mundial, es van reprendre les iniciatives a favor dels escriptors empresonats. En el 1959, per exemple, es va enviar un telegrama al Sindicat dels Escriptors Soviètics, expressant preocupació pels rumors que circulaven al voltant de Pasternak i demanant-li de “protegir el poeta, mantenint el dret a la llibertat creativa. Els escriptors de tot el món pensen fraternalment en ell”. L’ostracisme en contra de Pasternak va motivar l’envio de molts telegrames de part de diferents Centres PEN i això va establir les condicions favorables per la creació, en el 1960, d’un nou comitè permanent dintre del PEN dedicat exclusivament a fer un seguiment dels escriptors perseguits: el Comitè d’Escriptors Empresonats.

En els primers temps el CEE estava integrat per uns quants membres que actuaven de forma individual com Rosamond Lehmann, Storm Jameson, Arthur Miller, Paul Tabori, Victor van Vriesland i Peter Elstob. El nou Comitè va intensificar els esforços del PEN a favor dels escriptors empresonats i, en el 1969, Peter Elstob va viatjar a Lagos, Nigèria, expressament per donar suport a Wole Soyinka. Com a resultat d’aquesta visita i de l’enviament d’una multitud de cartes d’apel·lació, Wole Soyinka va tenir accés a tractament mèdic.

Altres casos destacats defensats pel CEE durant aquesta primera etapa van ser el dramaturg i expresident de la República Txeca, Vaclav Havel, a favor del qual es va emetre una resolució del PEN en el 1970; Alexander Solzhenitsyn, que va ocupar bona part de l’atenció del PEN fins a la seva sortida de l’Unió Soviètica; i molts intel·lectuals grecs, entre els quals el poeta Yannis Ritsos.

Les efimeres esperançes del periode post Guerra Freda
La trobada en el 1986 entre el president Gorbachev i el president Reagan a Reykjavik sancionant la fi de la guerra freda va alimentar esperances de canvis importants a favor de la llibertat d’expressió. Els soviètics, com a gest de bona voluntat, van alliberar la poeta rusa Irina Ratushinskaya, a favor de la qual molts Centre PEN havien estat treballant. Després de molts any de campanyes a favor d’escriptors perseguits, amb resultats molt minsos en general, el seu alliberament va portar una espurna d’esperança.

La realitat posterior a la fi de la Guerra Freda ha estat però decebedora i ha demostrat que mentrestant en algunes àrees continuen els empresonaments a llarg termini, en altres regions els escriptors han de encarar-se a noves i espantoses formes de censura emergent com l’assassinat, les amenaces i els atacs.

La llibertat d’expressió desprès de l’11S
No obstant alguns avanços en la defensa dels drets humans gràcies al increment de les democràcies en el món a finals del segle XX, a partir dels greus atemptats terroristes de l’11 de setembre, el CEE ha pogut constatar un clima cada vegada més contrari a la llibertat d’expressió en diversos països on s’han aprovat noves lleis, o se n’han esmenat d’antigues, en nom de la lluita contra el terrorisme.

Una altre greu motiu d’alarma pel CEE d’ençà un temps és la impunitat de la qual sembla gaudeixen els violadors del dret a la llibertat d’expressió, una forma de censura amb bales que molt rarament porta a arrestos o judicis. La preocupació per el fracàs dels governs de molts països del mon de castigar els responsables de centenars d’assassinats de periodistes durant la ultima dècada, ha portat la UNESCO a declarar la Impunitat com el tema de la seva trobada anual en el dia de la llibertat de premsa, 3 de maig de 2003, i al PEN a engegar una campanya durant tot el 2003 en contra de la impunitat d’aquests assassinats.